Trois années de travaux (2001 - 2004) se sont terminées à l'abbaye de Paimpont, dirigés par les monuments historiques.
Dans un premier temps, il y a eu consolidation des voûtes du chœur et du transept. Le grattage de ces voûtes a permis, d'ailleurs, de redécouvrir les fresques du XVe siècle.
En même temps, les boiseries couvrant les murs ont été démontées et transportées à Rennes pour être nettoyées.
Dans un deuxième temps, les trois retables ont été restaurés. Dans le choeur, cette restauration a compris la réédification du baldaquin, qui avait été déposé il y a trente ans pour des raisons de sécurité. Dans les chapelles, les retables ont retrouvé leurs couleurs, ainsi que les tableaux et les statues qui en sont l'ornement.