Mais c'est surtout au XVIIe siècle que les plus grands changements eurent lieu :
A la suite du concile de Trente (1545-1563), une vaste réforme catholique fut entreprise dans tous les domaines : théologie, discipline, liturgie, catéchèse...
Pour les chanoines réguliers de St Augustin, la réforme de Ste Geneviève se met en place à partir de l'abbaye parisienne. A Paimpont, la réforme est signée le 18 mars 1649 ; la congrégation envoie dix religieux venant d'autres abbaye, avec à leur tête un nouveau prieur, le père Asseline. Le père Barleuf, prieur de Montfort écrit : "Ces moines se mirent aussitôt au travail. Le pauvre peuple, voyant un si beau service, entendant tant de catéchisme et de prédications, s'imaginait être dans un paradis. On administrait les sacrements de jour, de nuit, parmi les forêts, dans les villages éloignés."
Restait un problème de taille : où loger dignement tous ces religieux ? Les anciens bâtiments conventuels étaient presque en ruines. Sur les conseils du père Barleuf, on entreprit de raser ces anciens logements et de construire du neuf.
Les travaux commencèrent à la fin de 1649. S'éleva alors le grand bâtiment qu'on voit encore aujourd'hui, et qui abrite mairie et paroisse. Le bâtiment comprenait : au rez de chaussée : la procure, la salle capitulaire, un salon, le réfectoire et la cuisine ; à l'étage : l'appartement du prieur, les cellules des religieux, et un appartement de réception.
Aussitôt après, une hôtellerie fut construite près de l'entrée du bourg actuel. Un bénitier, à gauche du porche, la signale encore.
On aménage aussi l'intérieur de l'abbatiale